La Biblioteca es una unidad funcional de apoyo académico. En la estructura organizacional de la UAPA, depende directamente de la Vicerrectoría Administrativa y Financiera. Cuenta con una Dirección General con asiento en la Sede, en Santiago de los Caballeros y dos direcciones locales en los recintos de Santo Domingo Oriental y Cibao Oriental.
La UAPA, desde su fundación ha puesto especial interés en disponer de una biblioteca capaz de satisfacer las necesidades de información de la comunidad académica y usuarios en general. Desde su primer local alquilado en el sector Las Colinas, Santiago de los Caballeros, en 1995, la Universidad contó con un pequeño espacio para albergar los libros propiedad de su fundador, Dr. Ángel Hernández. Unos 300 títulos del área de las humanidades que se convirtieron en el primer acopio bibliográfico de la incipiente biblioteca, para soportar las investigaciones de sus primeros 28 matriculados.
Al finalizar el año 2015, la biblioteca de la sede estrenó sus nuevas instalaciones con un fondo bibliográfico que supera los 20 mil títulos en las diversas áreas del conocimiento.
La biblioteca dispone de sala de internet con capacidad para 40 usuarios, internet wi-fi, amplias áreas para las colecciones, hemeroteca y archivo vertical, oficinas administrativas confortables; facilidad de acceso para discapacitados a través de rampas y ascensores; salas de reuniones en grupos con capacidad para 10 personas cada una, sala de estar y una acogedora sala de estudio con capacidad para 150 personas, cuyo confort, ambientación, iluminación y armonía de sus relucientes colores rompe con lo tradicional, permite la concentración e incita a la lectura, la reflexión y el estudio y sobre todo provoca unirnos al escritor argentino Jorge Luis Borges en su particular fantasía: “siempre imaginé que el paraíso sería algún tipo de biblioteca”.